Die Schweller sind garantiert vollverzinkt. Die liegen ja nun mal absolut im stark mechan. beanspruchten Bereich. Sind (hoffentlich) ordentlich von innen versiegelt (Hohlraum!), wenn, dann droht von innen nach vielen Jahren Ungemach.
Die Zinkschicht kann natürlich auch durchschlagen werden, die Motorhaube neigt ja auch gerne zu Rostpickeln...
Hast Du ein Bild? Oder mal der Werkstatt zeigen. Denn es gibt ja auch nur eine "Durchrostungsgarantie", d.h. von innen nach außen. Das kann nunmal nur in den seltensten Fällen belegt werden, da es auch tatsächlich ein unwahrscheinlicher Fall ist.

Wenn ich nicht irre, sind Hyundais zu 75% verzinkt. Wichtiger als die Verzinkung ist aber - wie xYtras schon schreibt - die Hohlraumversiegelung, zumindest auf lange Sicht.
BMW hat weniger verzinkte Teile als ein Mercedes, aber die bessere Hohlraumversiegelung, deshalb rosten BMWs auch weniger als die Stuttgarter.

1. Wenn Du einen Händler in der Nähe hast, fahr zu dem. Denn wenn da wirklich "was war", dann würde ich da frühzeitig was sagen. Bei Rostgeschichten (jetzt noch nicht, aber vielleicht in 5 Jahren) stellen sich manche Hersteller gerne quer, siehe Garantiebedingungen.
2. Deine Bemühungen in allen Ehren, aber das bepinseln hilft nicht. NUR, wenn sowas absolut sauber und dicht ist, schützt es vor Unterrostung! 98% reichen da nicht. Die 100% erreichst Du nie mit nem Lack/Lackstift. Gerade beim "Drüberarbeiten" kann man sowas eher nur maskieren und es sammelt sich darunter was. Ich glaube ja nicht, dass da wirklich bei Deinem Fahrzeug "viel" ist oder kommt, aber die Falz sieht nicht toll aus. Kantenrost ist auch hässlich.

(Drüberpinseln kann man nur vorbehaltlos mit penetrationsfähigen Mitteln, die Leute im korrosionsschutzdepot.de sind da ganz kompetent. Fürs Bepinseln würde ich nur mit Owatrol-basiertem Zeug nicht besorgt sein, dass man etwas verdeckt. Vor allem durchdringt man den Steinschlagschutz und konserviert den, den der ist oft nicht ideal!
Owatrol primär wäre nicht sehr haltbar, mit Chlorkautschuklack gemischt als Deckschicht (mehrfach) ist a) elastisch (Risse sind immer das AUS für den Korrosionsschutz) und b) penetrierent und quasi offenporig.)

knuffi
Am Unterboden kann man nicht mit einem Lackstift arbeiten, das bringt nichts. Da wird mit Wachs o.ä. versiegelt, welches mit Druck (Pistole)aufgetragen werden muß.

Ich habe auch noch nie gehört daß jemand am Unterboden mit dem Lackstift ausgebessert hätte.

nene, der ist bloß noch nicht fetig geworden, der malt noch, deshalb hast du noch nichts gehört

Wenn der Wagen noch Garantie hat, würde ich zum Händler fahren. Die knallen wahrscheinlich neuen Unterbodenschutz auf die Stelle. Wenn nicht würde ich selbst Unterbodenschutz draufpinseln oder -sprühen.